Pada tahun 1997 Indomaret memperkenalkan sistem kemitraan kepemilikan dan pengelolaan gerai dengan cara waralaba. Sampai Juli 2009 telah mencapai jumlah 3531 gerai waralaba. Mitra usaha waralaba ini meliputi : koperasi, badan usaha dan perorangan. Sistem waralaba Indomaret telah teruji keberhasilannya dengan diperolehnya penghargaan dari Presiden Republik Indonesia sebagai Perusahaan Waralaba Nasional, pada tahun 2003.